ایمونو هیستو شیمی مراحل مشخص نمودن آنتی ژن ها در سلولهای یک قسمت بافت است و توسط آنتی بادی  های خاصی انجام می گیرد که به طوراختصاصی به آنتی ژِنها باند می شوند. نام ایمونو هیستوشیمی از ریشه "immuno" به معنی آنتی بادیهای استفاده شده در یک روش خاص و "histo"  به معنی بافت گرفته شده است. رنگ آمیزی ایمونوهیستوشیمی کاربرد گسترده ای در تحقیقات بنیادی دارد و برای تعیین جایگاه بیو مارکرها در قسمتهای مختلف بافت استفاده می شود. ترکیب بین آنتی ژن و آنتی بادی را می توان با روشهای مختلفی مانند رنگ آمیزی یا ایمونوفلورسنت مشخص نمود. برای مثال ترکیب یک آنتی ژن و آنتی بادی در مورد پراکسیدازکه واکنش رنگ آمیزی ایمونوپراکسیداز را سبب می شود.آنتی بادی همچنین می تواند بوسیله ایمونوفلوروسنت علامت دار شود. دو روش مستقیم و غیر مستقیم ایمونوهیستوشیمی جهت شناسایی آنتی ژن ها در بافت وجود دارد.

روش مستقیم یک روش یک مرحله ای رنگ آ میزی است  و در این روش یک آنتی بادی علامت دار به طور مستقیم با آنتی ژن در بافت واکنش نشان می دهد.

در روش غیر مستقیم یک آنتی بادی اولیه با آنتی ژن موجود در بافت و یک آنتی بادی ثانویه علامت دار با آنتی بادی اولیه واکنش نشان می دهد.